В целом можжевельник устойчив к болезням и вредителям, но на хвое этого растения может развиваться один из видов ржавчинных грибов, опасных также для груши и сливы. В частности, можжевельник казацкий является промежуточным хозяином ржавчинного гриба, вызывающего сливовую сетчатую ржавчину, которая может нанести серьезный вред деревьям из семейства сливовых. Ржавчина растений характеризуется образованием на пораженных органах пустул различной формы и величины, из которых при растрескивании высыпается 'ржавый' порошок, состоящий из спор гриба. Меры борьбы: опрыскивание фунгицидами сразу после появления пораженной хвои, с двукратным повторением через 15 суток.